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01. Invasion de la capitale

Ayato Kamina est un jeune étudiant passionné de peinture qui vit avec sa mère à Tokyo. Un jour, alors qu'il se rend à l'école en métro en compagnie de deux de ses amis, la ville est victime d'une attaque aérienne qui fait dérailler le métro. Lorsqu'Ayato se précipite dehors pour aller chercher du secours, il entend un chant étrange...

02. Eveil de dieu et de l'homme

L'œuf s'est brisé et un mystérieux mecha à la tête ailée en est sorti. Les envahisseurs semblent impuissants contre lui et seul un appareil parvient à échapper à la destruction. Le mecha s'en prend alors au Dolem qu'il abat en quelques instants. Pendant ce temps, Ayato se retrouve à l'hôpital, où il recherche Reika...

03. Une ville pour deux

Ayato s'est enfui de Tokyo Jupiter en compagnie de Haruka, qui lui apprend l'existence des Muliens. Complètement abasourdi par toutes ces révélations, Ayato ne peut s'empêcher de se poser de nombreuses questions. C'est alors qu'il reçoit un appel de sa mère, restée sur Tokyo Jupiter…

04. Sa propre montre

Ayato et Haruka ont été récupérés par les hommes de TERRA, qui traitent Ayato avec beaucoup de méfiance et l'enferment dans une cellule spéciale. A ce moment, les installations de TERRA se retrouvent attaquées par un Dolem qui perce toutes les défense de la base…

05. NiraiKanai

Depuis son combat contre le dernier Dolem de Mu, RahXephon se pétrifie petit à petit. Persuadés que l'état du robot géant est lié à l'état mental de son pilote, Yagumo et le docteur Kisaragi décident d'essayer de le mettre à l'aise et demandent à Megumi, la jeune sœur de Haruka, de s'occuper de lui. Malgré des débuts difficiles, les deux jeunes gens semblent finir par s'entendre...

06. Villes anéanties

Un nouveau Dolem fait son apparition et ravage la ville de Hakodate. Sa signature sonore est identique à celle de l'appareil qui a attaqué l'Australie il y a 14 ans et qui a causé six millions de victimes. Parmi celles-ci se trouvaient les parents de Kim, une amie de Megumi qui a rejoint les rangs de Terra pour pouvoir se venger de Mu. Ayato, lui, décide finalement qu'il pilotera RahXephon…

07. Le jour du rassemblement

Alors que le commandant suprême de Terra est de retour à Nirai-Kanai avec Kunugi, Isshiki et un journaliste qui a été autorisé à réaliser un reportage sur Terra, un autre Dolem est détecté. RahXephon se lance à sa rencontre en compagnie d'une petite escadrille commandée par Elvi. Celle-ci, qui ne veut pas se faire doubler par Ayato, prend des risques inconsidérés pendant l'attaque...

08. Froide nuit, sainte nuit

C'est bientôt Noël mais le temps est magnifique et Ayato et les autres prennent un repos bien mérité sur la plage. Le docteur Kisaragi, qui organise une soirée de réveillon chez lui le lendemain et a invité tout le monde à la fête, offre à son assistante un cristal qu'il a retrouvé sur la carcasse du dernier Dolem abattu par Terra, un Dolem qui apparemment montre encore des signes d'activité…

09. Le temple du temps

Ayato éprouve encore quelques difficultés à contrôler RahXephon, ce qui ne manque pas de lui attirer les railleries d'Isshiki. Alors que tout le monde profite des derniers instants de beau temps sur la plage, Quon aperçoit Reika. N'en croyant pas ses yeux, Ayato se lance en compagnie de Quon dans un étrange voyage...

10.Sonate de la réminiscence

C'est aujourd'hui un jour très spécial pour le commandant Kunugi, qui quitte la base en laissant Yagumo aux commandes. Il a en effet rendez-vous avec sa fille... mais également avec son passé, qui va lui revenir sous la forme d'une histoire triste et tragique racontée par le journaliste, toujours en train d'enquêter sur l'île...

11. Le circuit de Kioja

Ayato et RahXephon affrontent un nouvel Dolem dont les attaques mentales vont plonger Ayato dans un monde entre rêve et réalité, entre vérité et mensonge. Qui est-il? Où est-il? Que veut-il?

12.L’œuf noir

Depuis qu'il est rentré de son "voyage", Ayato est incapable de regarder Haruka en face, toujours hanté par les images qui ont traversé son esprit. De son côté Quon, qui est tombée dans le coma lors de la disparition d'Ayato, est veillée par l'assistante de son frère. Lorsqu'elle se réveille, elle fait la rencontre de Reika…

13.Spécimen humain n°1

Pendant que Haruka continue à enquêter sur les origines de Quon et se remémore des événements de son propre passé, un nouveau Dolem fait son apparition, mais il ne semble pas très menaçant... jusqu'au moment où il émet un chant qui fait réagir Ayato et Quon. Ce chant va éveiller chez Ayato des sentiments très forts...

14. Le garçon dans le miroir

La fondation Bähbem entre officiellement dans la danse en dotant Terra d'une arme performante: le Vermillion, un robot humanoïde qui peut rivaliser avec le RahXephon. Au cours d'un entretien avec Elvy, Yugamo laisse échapper qu'Ayato est Mulien, ce qui provoque la colère d'Elvy et choque profondément Ayato, qui passait par là...

15. La nuit des enfants

Makoto, Itsuki et Helena sont trois enfants élevés au sein du domaine Bähbem. Makoto a découvert dans les caves du château une sorte de créature étrange faite de boue et la présente à ses deux camarades. Il se sent étrangement attiré vers la créature, avec laquelle il parvient à entrer en résonance...

16. L’île des autres

Des changements se préparent: Megumi va passer un examen qui lui permettra d'intégrer l'équipe de Yagumo, dont elle secrètement amoureuse; Quon est placée sous la responsabilité directe de la fondation Bähbem; Ayato, qui se pose toujours des questions sur sa véritable identité, décide de son propre chef de rentrer à Tokyo Jupiter…

17. Retour au labyrinthe

Alors qu'Ayato et Quon, à bord du RahXephon, se dirigent toujours vers Tokyo-Jupiter, Isshiki décide d'envoyer le Vermillion à leur poursuite avec pour ordre de les ramener à tout prix. Haruka est elle aussi montée à bord du Vermillion car elle a des choses à dire à Ayato. Lorsqu'Elvy tente d'arrêter RahXephon, Ayato refuse d'obtempérer...

18. Les liens du sang bleu

Elvy et Haruka ont suivi RahXephon sur Tokyo-Jupiter. Ayato a retrouvé sa mère ainsi que ses amis Hiroko et Mamoru. Il est en état de choc depuis qu'il a découvert la véritable identité de Maya. De son côté, Hiroko réalise qu'elle a le sang bleu et cela lui fait perdre la tête. Elle se rend chez Ayato afin de le supplier de l'emmener avec lui...

19. L’ami bleu

Ayato et Hiroko se sont échappés de Tokyo-Jupiter et sont partis vers le nord. Ils mènent une vie de fugitifs afin d'échapper aux agents de l'Alliance qui les traquent. Hiroko souhaiterait ouvrir son cœur à Ayato, mais elle ne parvient pas à lui exprimer ses sentiments. C'est alors qu'un Dolem vient troubler leur bonheur fragile...

20. La bataille de l’artisan

Helena a ramené Ayato et le RahXephon à Terra, où les choses ont bien changé. En effet, le commandant Kunugi a été mis à pied et c'est à présent Isshiki qui le remplace. A ses côtés se trouve un jeune officier qui ressemble étrangement à Reika. Isshiki fait clairement sentir à Ayato qu'il est toléré uniquement parce qu'il est capable de piloter RahXephon…

21. Le sceau de Xéphon

Makoto présente aux officiers de TERRA l'opération qu'il a conçue en vue de détruire la barrière protégeant Tokyo Jupiter. Grâce à cette opération nommée "Downfall", il espère éliminer Mu une bonne fois pour toutes et pour cela il recherche l'aide d'Ayato. De son côté, Mamoru rend visite à Kunugi...

22. Opération annihilation de Jupiter

Haruka se fait renvoyer par Makoto parce qu'elle a osé se moquer de lui. De son côté, Ayato travaille avec acharnement sur son tableau. A la surprise générale, Makoto décide d'avancer d'une heure le début de "Downfall" et de suivre le déroulement des opérations à bord du vaisseau-amiral…

23. D’ici à l’éternité

L'opération "Downfall" a des conséquences inattendues et assez désastreuses. Des cités volantes de Mu apparaissent au-dessus de nombreuses villes dans le monde entier et les deux mondes commencent peu à peu à se chevaucher. C'est dans ces circonstances graves que Kunugi retrouve le commandement de TERRA…

24. La porte de l’accord

Nirai Kanai a été détruite. Les forces de TERRA. vont maintenant se joindre à celles des Nations Unies afin de combattre Mu. La bataille fait rage et les victimes sont nombreuses des deux côtés. Ayato, lui, est prêt à tout pour protéger celle qu'il aime, quitte à perdre son humanité. Il s'envole à bord du Xephon, en promettant à Haruka de revenir…

25. La musique incertaine de Dieu

Ayato a enfin accepté ce qu'il est et il a fusionné avec le Xephon pour former le RahXephon, le dieu suprême. Pendant ce temps, les Dolems de Mu font des ravages dans les rangs des forces terriennes et Elvi perd ses coéquipiers un par un. C'est alors qu'elle a une nouvelle idée pour se débarrasser de l'ennemi…

26. Bien au-delà de l'éternité

Le combat entre les deux RahXephon atteint son paroxysme, une terrible bataille psychologique qui va décider du sort du monde tel qu'on le connait. Qui de Quon ou d'Ayato va parvenir à imposer sa propre vision?